被告辯稱：因原告違法取得集體建設用地使用權，且土地使用權期限已經屆滿，原告自始不能依法取得集體建設用地使用權，應當依法收回；因原告沒有依法辦理建設工程規劃許可證，原告對涉案房屋不具有合法產權，本案涉案房屋屬于違章建筑。
另外，在本案中，雖然《中華人民共和國城市規劃法》自2008年1月1日起因《中華人民共和國城鄉規劃法》的實施而失效，但是，《城市規劃法》第二條、第三條有關該法的適用的空間效力、第三十二條和第四十條有關規劃實施要求及其法律責任等規定，與《城鄉規劃法》第二條、第四十條和第六十四條的相關規定基本一致，二者之間并不存在直接的法律沖突。
因此，無論根據原告實施違法建設行為時的《城市規劃法》還是根據現行的《城鄉規劃法》，原告的建設行為始終具有可罰性，被告所作出的期限拆除決定書符合我國相關行政法律法規規定，適用法律正確，程序正當。
京云律師則認為：原告史某在2001年建設案涉房屋時，申辦了村鎮建設許可證，后又補辦了集體土地建設用地使用證和房屋所有權證，其建房行為不屬于無證建設。被告依據當時正在實施的《中華人民共和國城市規劃法》第三十二條認定原告的案涉房屋為違法建筑，顯然屬于認定事實不清、證據不足。
最終法院依照《中華人民共和國行政訴訟法》第七十條第（一）項的規定，判決如下：
撤銷被告于2018年6月12日作出的限期拆除決定書。
